Trybunał wskazał, że zmiany wprowadzone przez MEN zostały dokonane bez wymaganego porozumienia z Kościołami i związkami wyznaniowymi. Negatywne opinie wyrażone przez Komisję Wychowania Katolickiego Konferencji Episkopatu Polski oraz Prezydium Polskiej Rady Ekumenicznej nie zostały uwzględnione przez ministerstwo.

W uzasadnieniu wyroku Trybunał podkreślił, że wyłączenie ocen z religii i etyki ze średniej ocen wpływa na sposób organizacji nauczania tych przedmiotów, co wymaga uprzedniego porozumienia z odpowiednimi władzami kościelnymi. Brak takiego porozumienia stanowi naruszenie obowiązujących przepisów konstytucyjnych.

Wyrok Trybunału Konstytucyjnego ma moc powszechnie obowiązującą i jest ostateczny. Z chwilą ogłoszenia wyroku na sali rozpraw, domniemanie konstytucyjności zakwestionowanego przepisu zostało uchylone.

Ministerstwo Edukacji Narodowej nie odniosło się jeszcze do wyroku Trybunału. Wcześniej minister Barbara Nowacka zakwestionowała legalność obecnego składu Trybunału Konstytucyjnego i odmówiła udziału w postępowaniu.

Decyzja Trybunału oznacza, że oceny z religii i etyki ponownie będą wliczane do średniej ocen ucznia, co może mieć wpływ na przyznawanie świadectw z wyróżnieniem oraz na proces rekrutacji do szkół wyższego szczebla.